分公司作为总公司的异地分支机构，主要的职责就是负责异地市场的开拓及与总公司的联络。对于分公司来说，税务方面主要是可以分为独立核算和非独立核算两种形式，那么这两种方式有什么样的利弊呢？
谓独立核算，是指在银行单独开设结算账户；独立建立账簿，编制财务报表；独立计算盈亏。在实务中，一般只有真正从事经营业务的分公司才会在财务上独立核算，对外以自己名义从事经营业务，以自己名义对外开具发票。对于这种分公司来说，增值税和营业税等流转税必须在当地缴纳。
实行独立核算，有利于总公司了解分公司的盈亏情况，但因为一般分公司大多本身并无太多资产，容易出现利润偏高的情况，不利于企业的整体税务规划，所以如实行分公司独立核算，企业也一般会通过提高流转价格等方式提高分公司的经营成本。
非经营性分公司因为没有涉税收入，无需以自己名义对外开具任何发票，所以不会涉及增值税、所得税、营业税等的缴纳问题。但需要注意的是，非独立核算仅指财务帐目的处理，分公司作为纳税主体仍需要办理税务登记证，每个月仍需向税务部门做税务申报，只不过这种申报是零申报而已。如果企业因为分公司非独立核算而忽略了报税的细节，则有可能最终招致税务机关的罚款。
