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独立核算与非独立核算说的是企业会计核算的两种组织方式。两者在财务核算上是有较大却别的。
独立核算的意思是，某一会计主体对其资金状况和经营成果进行全面、系统的会计核算。根据《会计法》第二条的规定，国家机关、社会团体、公司、企业、事业单位和其他组织必须依照本法办理会计事务。也就是说，这些单位均属于独立核算的会计主体。
非独立核算又称报帐制，通常是指独立核算的会计主体下设的内部会计主体，它们通常没有银行账户，不单独设置账套，不设置会计部门和人员。由上级单位拨给运营资金，从事业务活动的支出由上级单位报销，收入上缴给上级单位。
一个独立核算的单位下面可以有多个非独立核算的单位，比如企业驻外地的办事处、商业企业下设的门店，建筑业企业下设的项目部，工业企业下设的销售部等，都有可能是非独立核算的单位。
从税法的角度看，总分机构中的总机构，大体对应会计法中的公司、企业及其他缴纳企业所得税的单位，因此，新设立的总机构，均应选择独立核算模式。
如果一家公司在异地成立的分公司，属于税法中的分支机构，选择何种核算模式完全取决于本单位的管理需要，现行财税政策并无强制性规定。
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