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第二十四条总机构所在地税务机关根据汇总计算的企业年度全部应纳税额，扣除总机构和境内各分支机构已预缴的税款，确定应补缴（退）税额。
多缴的税款，经总机构所在地主管税务机关批准后，由总机构按规定办理退库。总机构所在地税务机构开具收入退还书，“预算科目”栏按企业所有制性质，对应填写1010446项“跨市县总机构普陀汇算清缴所得税”下有关目级科目名称及代码。除青岛市外，“级次”栏填写“中央60%、省级8%、市及市以下32%”。
应补缴的所得税款，由总机构就地缴入各级国库。总机构所在地税务主管机关开具税收缴款书，“预算科目”栏按企业所有制性质，对应填写1010446项“跨市县总机构普陀汇算清缴所得税”下有关目级科目名称及代码。除青岛市外，“级次”栏填写“中央60%、省级8%、市及市以下32%”。
第二十五条总机构应据实计算应纳税额，并严格按本办法进行分摊，确保各级均衡入库。年终汇算清缴后，如果总机构补缴的税款超过全年实际纳税额的5%，省财政将通过体制结算相应扣减总机构所在地财力，并分配到分支机构所在地。
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