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上海对自贸区小规模纳税人实行按季申报，因此你公司在2020年第一、二季度的申报中会同时涉及3%和1%的销售额。
根据《国家税务总局关于支持个体工商户复工复业等税收征收管理事项的公告》（国家税务总局公告2020年第5号）规定。
你公司减按1%征收率征收增值税的销售额填写在《增值税纳税申报表（自贸区小规模纳税人适用）》“应征增值税不含税销售额（3%征收率）”相应栏次，同时按销售额的2%计算对应减征的增值税应纳税额，填写在《增值税纳税申报表（小规模纳税人适用）》“本期应纳税额减征额”及《增值税减免税申报明细表》减税项目相应栏次。
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