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总公司在上海，分公司上海，17年2季度汇算清缴前，分公司专管员告知我司需做总分机构分配，然后再汇算清缴，之后按分配就地预缴所得税。我司总机构办理完毕后，分公司在汇算清缴前，分公司专管员又说不需分配，因我们分公司2016年成立，第一年不参与分配等。但我司总机构已做总分机构备案，故我司总公司从17年二季度一直按分配申报所得税，但上海分公司一直独立预缴所得税按季申报，分公司并未做总分机构备案，当时专管员表示分公司先按独立预缴的方式申报，但一直没给出处理方法，故一直延续至今。此举造成总公司按分配申报，分公司独立申报。想汇算清缴前统一，应如何处理，且总公司一季度独立预缴了所得税，但2.3.4季度亏损，汇算后需要退税，如果按分配方式汇算，退税也会有问题，按比例退的话，分公司实际没有入库。分公司全年亏损状态。请给出意见，感谢。
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尊敬的您好！
2016年成立当年，分公司不就地预交企业所得税
2017年总分公司汇算，由总机构分配，公司按分别金额预交
需要协调两地的税局
以上对问题的解答，希望能帮助到您！
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